El Magíster en Psicopedagogía y Educación Especial es un programa de carácter académico que está dirigido a profesionales de la Educación Diferencial o Especial y a profesionales de especialidades afines. Como tal, se orienta a la formación en un nivel avanzado en el campo de la Psicopedagogía y la Educación Especial. Su fin es formar postgraduados  con  capacidad para realizar investigación básica y aplicada en la disciplina y para integrar equipos interdisciplinarios que contribuyan a su desarrollo. 

Fue creado en 2013 por el Decreto de Rectoría 64/2013 y abre su primera admisión en marzo 2014. Actualmente, se encuentra acreditado por 3 años por la Agencia Nacional de Acreditación (CNA). 

El Programa provee una formación entregada por especialistas en cada una de las disciplinas cubiertas, mediante la integración de conceptos, modelos teóricos, métodos y experiencias de investigación científica. Para ello cuenta con la participación de investigadores activos en el ámbito, el 95% de ellos con grado de Doctor, conformando un cuerpo académico que incluye profesores de planta de la Facultad de Educación de la universidad y profesores asociados a ella, además de Profesores Visitantes externos, cuya labor se complementa con la participación de académicos invitados de universidades chilenas y extranjeras.