El Magíster en Psicopedagogía y Educación Especial es un programa de carácter académico que está dirigido a profesionales de la Educación Diferencial o Especial y a profesionales de especialidades afines. Como tal, se orienta a la formación en un nivel avanzado en el campo de la Psicopedagogía y la Educación Especial. Su fin es formar postgraduados  con  capacidad para realizar investigación básica y aplicada en la disciplina y para integrar equipos interdisciplinarios que contribuyan a su desarrollo. 

Fue creado en 2013 por el Decreto de Rectoría 64/2013 y abre su primera admisión en marzo 2014. Actualmente, se encuentra acreditado por la Agencia Nacional de Acreditación (CNA), por 4 años (2022 a 2026)

El Programa provee una formación entregada por especialistas en cada una de las disciplinas cubiertas, mediante la integración de conceptos, modelos teóricos, métodos y experiencias de investigación científica. Para ello cuenta con la participación de investigadores activos en el ámbito, el 100% de ellos con grado de Doctor, conformando un cuerpo académico que incluye profesores de planta de la Facultad de Educación de la universidad y profesores asociados a ella, además de Profesores Visitantes externos, cuya labor se complementa con la participación de académicos invitados de universidades chilenas y extranjeras.